Este trabajo introduce un abordaje novedoso en el país: consiste en la aplicación de un enfoque de virómica, esto es, el estudio de toda la comunidad viral contenida en una muestra biológica. Por lo tanto, en las muestras de pacientes uruguayos, además del coronavirus SARS-CoV-2 se podrá identificar la presencia de otros virus, particularmente respiratorios (virus influenza, respiratorio sincicial, mtapneumovirus, entre otros), que pueden circular durante la temporada invernal y podrían coinfectar con el nuevo coronavirus.
Esta clase de estudios, estandarizado a nivel internacional, se realiza mediante técnicas de secuenciación masiva de última generación, explicó Pérez al Portal de la Udelar. Se utiliza la Plataforma Genómica de Facultad de Ciencias, que entre otros equipos incluye uno de secuenciación, adquirido el año pasado gracias al programa de «Fortalecimiento del equipamiento para investigación» gestionado por la Comisión Sectorial de Investigación Científica de la Udelar. Este fue el primer secuenciador en un servicio universitario.
En los últimos dos años la sección de Genética Evolutiva se encontraba estandarizando, por primera vez en Uruguay, un protocolo para caracterizar el viroma de las aves. Entre estos virus se encuentra un coronavirus aviar, de importancia sanitaria en la industria avícola. Con el inicio de la epidemia de COVID-19, surgió la motivación para trabajar sobre muestras humanas, en acuerdo con la Sección Virología y el DLSP.
Los resultados fueron muy positivos, y los investigadores obtuvieron secuencias del genoma de una cepa de SARS-CoV-2 circulante en Uruguay. Las muestras fueron previamente diagnosticadas y aportadas por el DLSP.
La cooperación les permitió optimizar recursos humanos, insumos y equipos, utilizando los reactivos que ya tenían. Actualmente trabajan en la caracterización genómica completa de nuevas muestras, mientras disponen de los insumos necesarios. Para seguir adelante deberán comprar nuevos reactivos en el exterior, algo que en estos momentos no es sencillo, explicó Pérez.
El investigador explicó que es posible que ocurran coinfecciones con otros virus respiratorios, que pueden alterar los cuadros clínicos, especialmente en poblaciones vulnerables como los mayores de 65 años. El conocimiento de los viromas respiratorios en humanos puede aportar al control epidemiológico de estas enfermedades, incluyendo a la epidemia de COVID-19, indicó.
Este abordaje es diferente y se complementa con el utilizado por el grupo liderado por Gregorio Iraola en el Instituto Pasteur (IP), que este fin de semana logró secuenciar los primeros genomas completos de SARS-CoV-2 de diez pacientes con Covid-19 en Uruguay.
Pérez agregó que en estas circunstancias, «la comunidad científica se hace cargo de la responsabilidad social que le compete y trabaja intensamente para colaborar en la superación de esta emergencia sanitaria, aportando cada uno desde su propia experiencia». Este aporte importante de la Udelar se sumará a otras iniciativas que se llevan adelante en el IP y otras instituciones, como el Instituto de Investigaciones Biológicas Clemente Estable.